3 października 2005 została oficjalnie uruchomiona pierwsza linia SKM – S1 z Warszawy Zachodniej do Falenicy. Pierwszy pociąg wyruszył na trasę dokładnie o godz. 8.04.

Ze względu na remont kolejowego tunelu średnicowego, w lipcu 2006 r. trasa SKM została zmieniona. Pociągi rozpoczęły kursowanie na linii S2 pomiędzy Rembertowem a Pruszkowem. Od grudnia 2006 r. pociągi linii S2 zaczęły dojeżdżać również do Sulejówka.

W czerwcu bieżącego roku pociągi SKM ponownie pojawiły się na linii otwockiej. Kursowały na trasie z Warszawy Wschodniej do Falenicy. W czasie zamknięcia dla ruchu Wału Miedzeszyńskiego (w związku z zagrożeniem powodziowym) ułatwiły pasażerom z Wawra dojazd do centrum Warszawy. Pasażerowie coraz częściej prosili ZTM o pozostawienie pociągów SKM na tej trasie na stałe. Tak się stało. 1 września 2010 r. uruchomiona została linia S1 z Warszawy Wschodniej do Otwocka.

Nie można zapominać, że SKM była czynnikiem stymulującym rozwój Wspólnego Biletu.

Z optymizmem można myśleć o przyszłości SKM. Linia S1 już w grudniu zostanie wydłużona. Pociągi będą dojeżdżały do centrum Warszawy. Pod koniec 2011 r. składy SKM będą woziły pasażerów z Lotniska Chopina do centrum stolicy. Będą wtedy także docierały do Legionowa.